Drejtoria e Kontrollit është përgjegjëse për kryerjen e kontrolleve në terren për Skemat Kombëtare dhe ato IPARD, për të identifikuar kriteret dhe përputhshmërinë e aplikimeve duke i paraqitur ato me formular verifikimi ose raporte kontrolli. Drejtoria e Kontrollit ka një sërë funksionesh në përgjegjësi të saj, si mëposhtë:

1. Harton dhe zbaton planin operativ për monitorimin në terren të projekteve të financuar nga Fondet kombëtare, fondet e B.E dhe donator të ndryshëm.

2. Studimi i dokumentacionit të aplikimit të dosjeve që do të realizohen në terren si dhe përgatitja e evidencave paraprake.
3. Mundëson informacion në nivel më të lartë për menaxhimin, efektshmërinë dhe transparencën për zbatimin e politikave të AZHBR-së për Bujqësinë dhe Zhvillim Rural.
4. Realizimin e kontrolleve në terren të aplikimeve duke krahasuar rezultatet e faktit në terren me ato të aplikimit, duke i reflektuar në formularin e verifikimit.
5. Sigurimi i fakteve të cilat pasqyrojnë rezultatet e kontrollit në terren dhe sipas të cilave vlerësohet aplikimi.